El Liceo San Francisco fue fundado por la Orden de San Francisco de Asís en 1897, como Escuela Primaria Nuestra Señora del Carmen. Posteriormente, pasó a llamarse Colegio de la Inmaculada Concepción y a contar del año 1958, según decreto cooperador Nº 18133, con fecha 30 de noviembre de 1962, se denominó Liceo San Francisco.
Estuvo atendido por la Orden Franciscana hasta el año 1975, constituyéndose en un referente evangelizador dentro de la comunidad. En ese año, el Arzobispado de Santiago asume la gestión del Liceo; que más tarde, entregó la dirección del establecimiento a una de sus fundaciones, Sociedad de Escuelas Católicas de Santo Tomás de Aquino (SECST), institución fundada en 1870. Actualmente, la Red Educacional Santo Tomás de Aquino congrega a ocho colegios de todo Santiago, atendiendo a niños, niñas y jóvenes en situación de vulneración.
El 14 de Diciembre del 2020 fue reconocido en el marco de la convocatoria “LICEOS BICENTENARIOS DE EXCELENCIA”, que está destinado a apoyar a los establecimientos educacionales que imparten educación media en las modalidades científico humanista, técnico profesional y artístico, y que estos alcancen, recuperen y/o mantengan estándares de excelencia. Asegurando que los estudiantes alcancen niveles adecuados de aprendizaje, contribuyendo así a mejorar la calidad de la educación del país.
El Liceo Bicentenario San Francisco se entrelaza en la historia centenaria del desarrollo de la comuna de La Granja, actualmente subdividida en tres municipios: La Granja, San Ramón y La Pintana.
Su vasta trayectoria al servicio de la fe y de la educación de los niños, niñas y jóvenes, hace del Liceo Bicentenario San Francisco una comunidad educativa íntegra, responsable y solidaria, que en sus 127 años de existencia es capaz de mirar con esperanza los desafíos educacionales, humanos y espirituales del tercer milenio.
